Quantitative Proteomanalyse von Pseudomonaden zur Aufklärung biotechnologisch relevanter Stoffwechselwege

Simon, Oliver

Quantitative Proteomanalyse von Pseudomonaden zur Aufklärung biotechnologisch relevanter Stoffwechselwege

dc.contributor.advisor	Huber, Armin	de
dc.contributor.author	Simon, Oliver	de
dc.date.accepted	2013-10-06
dc.date.accessioned	2024-04-08T08:48:54Z
dc.date.available	2024-04-08T08:48:54Z
dc.date.created	2013-12-09
dc.date.issued	2013
dc.description.abstract	The main focus of this work was a quantitative proteome analysis of a variety of Pseudomonas strains with respect to the biotechnological synthesis of the base chemicals glyoxylic acid, butanol and vanillin. In addition, effects of the terpene citronellol on the proteome of P. aeruginosa were investigated. A second key aspect of this work involved the establishment of proteomics methods for the analysis of complex samples, especially for the analysis of membrane proteins. Using carbonate extraction followed by label-free MS-based quantification allowed the identification and quantification of a significant number of hydrophobic proteins which were not covered by the 2D-DIGE approach. In addition, the GeLCMSMS workflow was found to be a simple and efficient method for the analysis of total bacterial lysates. Using this method, about 30% of all proteins encoded by the P. putida KT2440 genome could be identified and quantified. In conclusion, this work demonstrated that different proteomics methods can substantially contribute to biotechnological strain development and the understanding of cellular networks.	en
dc.description.abstract	Der Schwerpunkt dieser Arbeit lag auf der quantitativen Analyse des Proteoms verschiedener Pseudomonaden im Hinblick auf die biotechnologische Synthese der wirtschaftlich interessanten Basischemikalien Glyoxylsäure, Butanol und Vanillin. Des Weiteren wurde auch der Metabolismus des Terpens Citronellol in P. aeruginosa PAO1 untersucht. Neben den quantitativen Proteomanalysen im Rahmen der biotechnologischen Teilprojekte, beinhaltete diese Arbeit auch die Etablierung von geeigneten Analysemethoden. So konnten insbesondere für die Quantifizierung von Membranproteinen und des Gesamtproteoms geeignete Methoden der Probenvorbereitung und Quantifizierung etabliert werden. Mit Hilfe einer Carbonatextraktion und anschließender labelfreier massenspektrometrischer Quantifizierung konnte eine Vielzahl von, in 2D-DIGE-Analysen nur schwer zu erfassenden, Membranproteinen identifiziert und quantifiziert werden. Des Weiteren konnte für die Analyse des Gesamtproteoms ein GeLCMSMS-Ansatz, welcher die Identifizierung und Quantifizierung von etwa 30% aller in P. putida KT2440 kodierter Proteine erlaubt, etabliert werden. Verschiedene Methoden der Proteomanalyse können somit einen wertvollen Beitrag zur biotechnologischen Stammentwicklung und zum Verständnis zellulärer Netzwerke leisten.	de
dc.identifier.swb	398799776
dc.identifier.uri	https://hohpublica.uni-hohenheim.de/handle/123456789/5748
dc.identifier.urn	urn:nbn:de:bsz:100-opus-8989
dc.language.iso	ger
dc.rights.license	publ-ohne-pod	en
dc.rights.license	publ-ohne-pod	de
dc.rights.uri	http://opus.uni-hohenheim.de/doku/lic_ubh.php
dc.subject	Proteomics	en
dc.subject	Pseudomonas	en
dc.subject	Mass spectrometry	en
dc.subject	Biotechnology	en
dc.subject	Metabolism	en
dc.subject.ddc	570
dc.subject.gnd	Proteomanalyse	de
dc.subject.gnd	Pseudomonas	de
dc.subject.gnd	Massenspektrometrie	de
dc.subject.gnd	Biotechnologie	de
dc.subject.gnd	Stoffwechsel	de
dc.title	Quantitative Proteomanalyse von Pseudomonaden zur Aufklärung biotechnologisch relevanter Stoffwechselwege	de
dc.title.translated	Identification of biotechnologically relevant metabolic pathways in Pseudomonas by quantitative proteomics	de
dc.type.dcmi	Text	de
dc.type.dini	DoctoralThesis	de
local.access	uneingeschränkter Zugriff	en
local.access	uneingeschränkter Zugriff	de
local.bibliographicCitation.publisherPlace	Universität Hohenheim	de
local.faculty.number	1	de
local.institute.number	230	de
local.opus.number	898
local.university	Universität Hohenheim	de
local.university.faculty	Faculty of Natural Sciences	en
local.university.faculty	Fakultät Naturwissenschaften	de
local.university.institute	Institute for Physiology	en
local.university.institute	Institut für Physiologie	de
thesis.degree.level	thesis.doctoral

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